Lugu algab Haven Citys, kus pärast Jak II sündmusi on linn langenud kaosesse. Konfliktid erinevate fraktsioonide vahel – Krimson Guardi jäänukid, Metal Headid ja uued vaenlased Marauderid – on muutnud linna elamiskõlbmatuks. Jak kuulutatakse patuoinaks ja pagendatakse koos Daxteri ja Peckeriga Wastelandile, elutule kõrbealale väljaspool linna.
Jak pääseb ellu Spariuse klannis, mis elab Wastelandis ja mille juhiks on karm Damas. Samal ajal avastab Jak, et tema minevik ja Precursorite saladused on seotud Wastelandi iidsete varemetega. Jak peab võitma ellujäämiseks Sparguse austuse, astuma vastu uut tüüpi Metal Headidele ja Dark Makerite hävituslikule rünnakule, samal ajal lahendades oma seotust Precursorite pärandiga.
Mängu sündmused kulmineeruvad eepilise võitlusega maailma saatuse üle, kus Jak omandab uusi võimeid ja paljastab Precursorite tõelise olemuse.
