Kahe sõbra Jak’i ja Daxteri seiklus algab sellest, et nad satuvad keelatud saartele, kus Daxter kukub ohtlikku Dark Eco ainesse ja muutub väikseks naaritsataoliseks olendiks. Duo alustab rännakut, et leida viis Daxteri endise kuju taastamiseks, ent peagi avastavad nad, et maailm on ohus salapärase Dark Eco jõu ja seda kasutavate kurjade jõudude tõttu. Lugu viib nad läbi erinevate maaliliste piirkondade, kus nad koguvad Precursor Orbs-e, lahendavad mõistatusi ja võitlevad vastastega.
Mängu keskkond on avatud ja jagatud eriomadustega aladeks, sealhulgas troopilised džunglid, mägised külad ja kõrbed. Mängijad kogevad katkematut maailma ilma laadimisaegadeta, mis oli tol ajal revolutsiooniline.
Jak ja Daxteri suhe on mängu keskmes – vaikne ja julge Jak kontrasteerib täielikult Daxteri koomilise, lobiseva isiksusega. Lisaks värvikale dialoogile ja meeldejäävatele tegelastele nagu tark Samos ja tema tütar Keira, on mängus kaasahaarav heliriba, mis täiustab iga piirkonna unikaalset atmosfääri.
